Deutlich geringfügiger als bei der 450er fielen die Veränderungen an der neuen CRF250R aus. Die Honda-Ingenieure konzentrierten sich auf Detailverbesserungen, die aber in der Praxis spürbarer sind, als es auf dem Papier den Anschein macht.
Für eine bessere Motorleistung wurde auf der Zündbox ein anderes Mapping für die elektronische Einspritzung aufgespielt. Und am Fahrwerk erhielt sowohl der Showa-Stoßdämpfer als auch die Showa-Gabel eine andere Abstimmung, wobei man dem Federungselement für die Vorderhand noch steifere Federn spendierte.
Außer diesen beiden Änderungen hat sich an der MX2-Honda für das Modelljahr 2013 allerdings nicht viel getan.